حکم اعدام آیت الله نمر در آبان 94 در دادگاه تجدید نظر و دادگاه عالی آل سعود تأیید شد و برگه‌ ای به همین منظور به وزارت کشور ارسال شد تا امضای پادشاه برای انجام این حکم از دفتر پادشاهی گرفته شود.

دادگاهی در عربستان در 15 اکتبر  2014 ( 23 مهر 93) با مطرح کردن اتهامات ادعایی "فتنه انگیزی در کشور،" حکم اعدام آیت الله نمر را صادر کرد.

محاکمه این عالم برجسته شیعه بدون حضور رسانه ها و بدون اجازه به وی جهت دفاع از خود، انجام شد.

دادگاه محاکمه آیت الله نمر در مارس 2013 (اسفند 92)  آغاز شد و دادستانی کل عربستان در آن زمان با متهم کردن وی به فتنه انگیزی، اعدام ایشان را خواستار شد. آیت الله نمر در هشتم ژوئیه 2012  (18 تیر 91) به دست نیروهای امنیتی بازداشت شد.

نیروهای امنیتی سعودی قبل از بازداشت شیخ نمر، خودروی او را تعقیب کرده و به سوی وی تیراندازی کردند، که در نتیجه آن، شیخ نمر به شدت مجروح شد.

در پی بازداشت این عالم برجسته شیعه، فعالیتهای اعتراض آمیز گسترده ای در شرق عربستان روی داد و چندین جوان عربستانی نیز در جریان همین اعتراضها به ضرب گلوله نیروهای امنیتی شهید و یا مجروح شدند.

وزارت کشور عربستان سعودی در بیانیه خود ضمن اعلام خبر اعدام شیخ نمر باقر النمر، روحانی مبارز شیعی در عربستان، با استناد به آیاتی از قرآن کریم و احادیث نبوی درباره جزای محاربه، تلاش کرد اعدام این عالم برجسته را توجیه کند

 

خبرگزاری رسمی عربستان (واس) گزارش داد در این بیانیه ادعا شده است: امامان و پیشوایان مسلمانان و شریعت بر وحدت کلمه امت، پرهیز از تفرقه، پرهیز از آنچه باعث اختلال در امنیت و جلوگیری از بروز منازعات و پرهیز از مباح شدن سرزمین مسلمانان، پرهیز از نفرت انگیزی، جلوگیری از تباه شدن حقوق و به خطر انداختن منافع تأکید کرده‌اند. 

 

وزارت کشور عربستان در بخش دیگری از بیانیه خود با استناد به روایاتی از پیامبر اکرم(ص) به نقل از منابع اهل سنت افزوده است اگر کسی خواست جمع این امت را به هم بزند گردنش را هرکس که می خواهد باشد، بزنید و این هشداری به فتنه افکنان و تفرقه افکنان و هشداری به کسانی است که به گمراهی خود- که آنان را دچار عذاب دنیا و آخرت می کند- ادامه می دهند.  

 

وزارت کشور عربستان ادامه داد متون قرآن کریم و سنت پاک نبوی درباره سخت گیری و نهی و تهدید است که نظم و نظام امت حفظ می شود تا امت،  قدرتمند و مقتدر بماند و امنیت برقرار باشد؛ اما برخی گروههای جنایتکار از مسیر حق گمراه شده‌اند و هوای نفس بر آنها غلبه کرده است و از شیطان پیروی می کنند و اقدامات تروریستی مختلفی مرتکب شده‌اند و خونهای بیگناهان را می ریزند و حرمتهایی را که از نظر دین حفظ آنها لازم است هتک می کنند. امنیت را متزلزل و فتنه افکنی می کنند و نگرانی به وجود می آورند و درباره دین خداوند با جهل و نادانی و هوای نفس حرف می زنند.

 

وزارت کشور عربستان در ادامه بیانیه خود، اسامی چهل و هفت نفری را که اعدام شده‌اند را اعلام و نام شیخ نمر باقر النمر در ردیف چهل و ششم آن قرار داده است.

 

این بیانیه افزوده است  افراد مجرمی که از آنها نام برده شده است مرتکب جرائم زیر شده اند:

 

نخست : گرویدن به خط مشی تکفیری شامل عقاید خوارج، مخالفت با کتاب خدا، سنت و اجماع سلف امت و همچنین ترویج شیوه‌های گمراه کننده و تبلیغ آن با شیوه‌های مختلف و نیز عضویت در برخی شبکه‌های تروریستی و اجرای طرحهای جنایتکارانه برای منفجر کردن مجتمع مسکونی حمراء ، منفجر کردن مجتمع مسکونی وینیل ، منفجر کردن مجتمع مسکونی اشبیلیه در شرق شهر ریاض، حمله به مجتمع شرکت عربی سرمایه گذاری نفتی ( ای بی کورپ ) و شرکت پترلیوم سنتر.

 

این بیانیه افزوده است حمله به مجتمع مسکونی الواحه در استان الخبر در شرق  عربستان ، استفاده از بمبهای دست ساز و سلاحهای مختلف گرم، کشتن و زخمی کردن شماری از شهروندان و نیروهای امنیتی و تعدادی از افراد مقیم خارجی ، مثله کردن اجساد آنان ، قصد حمله به مجتمع های مسکونی در سراسر عربستان با انفجار، ‌مسموم کردن آبهای عمومی ، ربودن شماری از افراد مقیم با هدف قتل و مثله کردن بدنهای آنها ، ساخت مواد منفجره و قاچاق آن به عربستان ، در اختیار داشتن سلاح و بمبهای ساخته شده در داخل و وارداتی و در اختیار داشتن مواد منفجره پرقدرت انفجاری و در اختیار داشتن خمپاره و موشکهای متنوع از علل اعدام این افراد است.